Deixa-o e normalmente acaba por encerrar bem (pode ser horas).
Descobri que vejo esse problema em compilações de servidor novas ou bastante novas. Algo acontece com algumas atualizações do Windows que caem enquanto o sistema é jovem, então esta situação surge. Eu vi isso no Server 2008, 2012 e agora 2016 (seria bom ter um 'conserto' Microsoft, ou pelo menos uma mensagem melhor 'Desligando o Virtual Machine Management, por favor, não desligue o computador, isso poderia levar um longo quantidade de tempo '.