Eu li que desde o Ubuntu 15.04 upstart foi substituído pelo systemd
Você leu errado. Como explicado no último ponto do link , o upstart ainda é usado para o chamado "user" init . Se você desinstalá-lo, todas as coisas em sua área de trabalho que tentam falar com um gerenciador de serviços por sessão / por usuário (em oposição ao de todo o sistema) deixarão de funcionar. Daí as dependências do pacote.