Parece que você NÃO pode usar nomes de host FQDN na primeira entrada:
"If the name consists of a single component, that is, contains no dot, and if the environment variable HOSTALIASES is set to the name of a file, that file is searched for any string matching the input hostname."
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Não está descrito o que é o comportamento se você usar o FQDN como primeira entrada em HOSTALIASES, mas parece haver uma restrição e você só pode usar nomes de host não qualificados pelo domínio