Conecte-se ao seu banco de dados MySQL como um usuário com o privilégio SUPER (ou seja, root); encontre o processo correto com SHOW PROCESSLIST
:
mysql> SHOW FULL PROCESSLIST\G
*************************** 1. row ***************************
Id: 3113
User: dumbass
Host: localhost
db: example
Command: Query
Time: 0
State: NULL
Info: LOAD DATA INFILE
...
*************************** 2. row ***************************
Id: 3123
User: hbruijn
Host: localhost
db: example
Command: Query
Time: 0
State: NULL
Info: SHOW FULL PROCESSLIST
e kill
o thread ofensivo.
mysql> KILL QUERY 3113