Eu usaria DD sobre SSH e importaria isso como uma nova imagem VBox após a conversão. Eu uso o GZIP para pular copiando shows de espaço vazio.
ssh root@remoteIP "dd if=/dev/sda | gzip - " | dd of=image.gz
Descompacte e converta.
gunzip image.gz
VBoxManage convertdd image image.vdi --format VDI