O Atributo employeeID não é aquele que é sincronizado por padrão pelo aplicativo Azure AD Connect, conforme detalhado neste link ( link ).
No entanto, seguindo as instruções neste link ( link ) na seção intitulada Sincronização de atributo de extensão de diretório, você deve poder estender o esquema do Azure AD e incluir o atributo employeeID no processo de sincronização.