Então, você costumava ter um /var
vazio em seu sistema de arquivos raiz, que era usado como um ponto de montagem para o "real / var" que estava localizado em um sistema de arquivos diferente? E quando você iniciou a partir de um ISO, de alguma forma conseguiu criar um monte de subdiretórios em sua "raiz" /var
então agora você está preocupado que, após a reinicialização, o sistema não será capaz de montar o seu "real / var "porque o ponto de montagem tem alguns arquivos e diretórios nele?
Eu não acho que você deva se preocupar, o processo de montagem funciona muito bem neste caso. Os arquivos localizados dentro do seu ponto de montagem tornam-se inacessíveis (até você desmontar a partição), e todo o conteúdo do ponto de montagem é "substituído" pelo conteúdo da partição montada.
O único efeito colateral negativo que posso imaginar é que algum espaço em disco será desperdiçado pelos logs que você não precisa, mas, novamente, acho que seria seguro excluí-los.