Aqui está um pequeno roteiro para isso.
Provavelmente você ainda precisa ajustar os nomes das janelas.
#!/bin/bash
# Firefox win id
FFWID=$(xdotool search --name "Google - Mozilla Firefox" | head -n1)
xdotool windowactivate "$FFWID" --sync
# Safe dialog win id
FFDWID=$(xdotool search --name "Save as" --sync)
xdotool windowactivate "$FFDWID"
xdotool key "ctrl+s" type "save"
xdotool key "alt+s"