Além da desvantagem de os dados da janela de encaixe compartilharem uma unidade com o sistema operacional, não haverá desvantagens ao particionar a unidade conforme sugerido.
Ambas as suas abordagens estão corretas. Eu prefiro a variante com dois grupos de volume, porque isso lhe dá mais flexibilidade para o seu sistema operacional do que partições simples, mas essa decisão é totalmente sua.