Na máquina do IIS em que você criou o certificado, você precisará se conectar ao Gerenciador de certificado de computador local e exportar o certificado a partir dali.
Etapas:
Iniciar - > Executar - > MMC
Quando o MMC estiver pronto,
Arquivo - > Adicionar / Remover Snapin ...
Selecione o snap-in do certificado e siga as instruções para adicionar o computador local.
Adicionando o Gerenciador de certificados de computador local
Quando o gerenciador de certificados do computador local for adicionado, navegue até o armazenamento de certificados pessoais. Você deve ver o certificado que você criou com uma chave ao lado indicando um certificado com chave privada.
A partir dessa seção, você poderá exportar certificado.
Espero que isso ajude.