O que faria o mysqlcheck reportar incorretamente uma tabela como não danificada?

Question

Estamos administrando um servidor MySQL para um de nossos clientes que possui > 100 bancos de dados com cerca de 50 tabelas cada, muitos deles tabelas InnoDB. O servidor caiu e estou tentando encontrar o culpado. Ao reiniciar com innodb_force_recovery = 2 , posso conectar e não vejo nenhum erro no error.log. Mais importante, mysqlcheck --all-databases informa "Ok" para todas as tabelas. Mas quando eu removo innodb_force_recovery , o servidor trava de novo, grava um rastreio de pilha em error.log e só pode ser parado com kill -9 .

Como eu deveria encontrar o banco de dados ofensivo sob essas circunstâncias e o que faria com que o mysqlcheck perdesse as tabelas corrompidas? Por favor, não me diga para apenas ignorá-lo e restaurar todos os bancos de dados de despejos. Isso pode ser aceitável para um ou dois bancos de dados e se ocorrer apenas uma vez em uma lua azul, mas eu tive problemas com o mesmo servidor mais de uma vez e restaurar tudo dos despejos requer muito tempo e trabalho manual para fazer isso a cada tempo.

A versão do servidor é 5.5.46 e innodb_file_per_table está ativa.

Trecho de error.log como solicitado (o The tablespace free space info is corrupt significa que há um erro que não está em uma tabela específica e que não pode ser corrigido?):

180222 17:13:48 mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /home/mysql
180222 17:13:48 [Warning] 'THREAD_CONCURRENCY' is deprecated and will be removed in a future release.
180222 17:13:48 [Note] /usr/libexec/mysqld (mysqld 5.5.46) starting as process 26242 ...
180222 17:13:48 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
180222 17:13:48 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
180222 17:13:48 InnoDB: Mutexes and rw_locks use InnoDB's own implementation
180222 17:13:48 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
180222 17:13:48 InnoDB: Using Linux native AIO
180222 17:13:48 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
180222 17:13:49 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
180222 17:13:49 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
180222 17:13:49  InnoDB: Waiting for the background threads to start
180222 17:13:50 InnoDB: 5.5.46 started; log sequence number 1632912830888
180222 17:13:50 [Note] Server hostname (bind-address): '0.0.0.0'; port: 3306
180222 17:13:50 [Note]   - '0.0.0.0' resolves to '0.0.0.0';
180222 17:13:50 [Note] Server socket created on IP: '0.0.0.0'.
180222 17:13:50 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
180222 17:13:50 [Note] /usr/libexec/mysqld: ready for connections.
Version: '5.5.46'  socket: '/var/lib/mysql/mysql.sock'  port: 3306  MySQL Community Server (GPL) by Remi
InnoDB: Dump of the tablespace extent descriptor:  len 40; hex 000000000000000200000000061600000000126e00000004ffffffffffffffffffffffffffffbfaa; asc                    n                    ;
InnoDB: Serious error! InnoDB is trying to free page 512
InnoDB: though it is already marked as free in the tablespace!
InnoDB: The tablespace free space info is corrupt.
InnoDB: You may need to dump your InnoDB tables and recreate the whole
InnoDB: database!
InnoDB: Please refer to
InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/forcing-innodb-recovery.html
InnoDB: about forcing recovery.
180222 17:13:50  InnoDB: Assertion failure in thread 2499464080 in file fsp0fsp.c line 3309
InnoDB: We intentionally generate a memory trap.
InnoDB: Submit a detailed bug report to http://bugs.mysql.com.
InnoDB: If you get repeated assertion failures or crashes, even
InnoDB: immediately after the mysqld startup, there may be
InnoDB: corruption in the InnoDB tablespace. Please refer to
InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/forcing-innodb-recovery.html
InnoDB: about forcing recovery.
16:13:50 UTC - mysqld got signal 6 ;
This could be because you hit a bug. It is also possible that this binary
or one of the libraries it was linked against is corrupt, improperly built,
or misconfigured. This error can also be caused by malfunctioning hardware.
We will try our best to scrape up some info that will hopefully help
diagnose the problem, but since we have already crashed,
something is definitely wrong and this may fail.

key_buffer_size=268435456
read_buffer_size=1048576
max_used_connections=0
max_threads=512
thread_count=0
connection_count=0
It is possible that mysqld could use up to
key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 1314506 K  bytes of memory
Hope that's ok; if not, decrease some variables in the equation.

Thread pointer: 0x0
Attempting backtrace. You can use the following information to find out
where mysqld died. If you see no messages after this, something went
terribly wrong...
stack_bottom = 0 thread_stack 0x30000
/usr/libexec/mysqld(my_print_stacktrace+0x33)[0x842a1f3]
/usr/libexec/mysqld(handle_fatal_signal+0x42b)[0x82d9d3b]
[0x7bc420]
[0x7bc410]
/lib/libc.so.6(gsignal+0x50)[0x626b10]
/lib/libc.so.6(abort+0x101)[0x628421]
/usr/libexec/mysqld[0x85012e7]
/usr/libexec/mysqld[0x850147e]
/usr/libexec/mysqld[0x849c0b1]
/usr/libexec/mysqld[0x84a8a61]
/usr/libexec/mysqld[0x8561fef]
/usr/libexec/mysqld[0x85570a9]
/usr/libexec/mysqld[0x847b082]
/usr/libexec/mysqld[0x846bf04]
/usr/libexec/mysqld[0x846dad4]
/lib/libpthread.so.0[0x50d912]
/lib/libc.so.6(clone+0x5e)[0x6d347e]
The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.
180222 17:13:50 mysqld_safe Number of processes running now: 0
180222 17:13:50 mysqld_safe mysqld restarted

    

Answer 1

Como sugerido, descarregar e restaurar desses dumps foi a maneira que eu finalmente escolhi restaurar todos os bancos de dados. Felizmente, innodb_force_recovery = 2 permitiu que eu despejasse tudo sem erros, para que eu não precisasse usar despejos de backups. É claro que eu preferiria ter descoberto a causa real do erro, mas o MySQL não oferece nenhuma ajuda além de algumas menções de "A informação do espaço livre no tablespace está corrompida" nos relatórios de bug. Sem identificar e remover a causa do erro, espero que volte a ocorrer - nosso cliente provavelmente ficará ainda mais irritado do que eu.

Talvez o hardware defeituoso seja o culpado, mas os dados SMART de todos os discos no sistema parecem bons e /var/log/messages não contém nada de suspeito no momento da falha. Não houve perda de energia inesperada ou reinicialização.