(Você não mencionou, mas eu suponho que você esteja usando um Ubuntu Linux como você tem o comando "apt-get").
Você instalou o python a partir do código fonte e tentou instalar os módulos via apt, isso não é algo que definitivamente funciona (porque eles provavelmente usam diferentes caminhos).
Primeiro de tudo, se você não está confiante com o gerenciamento de pacotes e, em geral, como instalar / atualizar softwares no Ubuntu, sugiro usar sempre o apt e não instalar a partir do código-fonte. Instalar a partir da fonte de qualquer maneira dificulta a manutenção (como você não usa um gerenciamento de pacotes, então depois de um tempo você perderá o que e onde está instalado). De fato, usar apenas o apt nem sempre lhe dá as versões mais recentes (você realmente precisa disso?), Mas facilita muito a manutenção / atualização.No seu caso, você pode até encontrar um repositório PPA não oficial (!) para poder instalar o python mais recente via apt: link
Sugiro limpar primeiro o que você instalou com o make install ...
Se você ainda insistir em instalar a partir do código-fonte, há uma descrição para isso em askubuntu: Como instalar o Python 2.7.X ou 3.X mais recente no Ubuntu?