O usuário root ou o usuário que faz o backup deve ser o proprietário dessa partição e por quê?
Em geral, eu usaria o usuário "sudo" para criar backups. O Ubuntu não usa "root" como usuário; somente para o funcionamento interno do sistema.
Eu não acredito que isso seja um problema? Independentemente de quem é o proprietário da partição, você precisa manter os arquivos e diretórios como estão.
Apenas conselhos que posso dar: use ext para o backup e não para um sistema de arquivos do Windows.
Se as permissões forem alteradas na restauração do backup, isso se tornará um pesadelo: o software pode depender de arquivos com um usuário específico ou configurações.
Qual grupo deveria pertencer?
Não é um problema. Se você tiver um sistema multiusuário e quiser que mais de um usuário possa restaurar, poderá usar um grupo. Mas você também deve ter duas contas de administrador, pois uma restauração não é uma tarefa do usuário. É uma tarefa administrativa.
Se você se preocupa com um sistema instável, não configure seu sistema para ter mais de um usuário para poder restaurar. Caso contrário, esse segundo usuário pode restaurar algo que o primeiro usuário não espera potencialmente remover algo não intencionalmente.
Por que o Ubuntu tem tantos grupos por padrão? Por que eles são necessários?
Segurança. O hardware é de propriedade de "root". Assim, para que um usuário possa acessar uma impressora, um sistema de plug-in de DVD ou de dispositivo, ferramentas de administração, etc., é necessário algum método para o sistema saber que um usuário pode usá-lo.
Assim, o usuário inicial criado quando o sistema é criado é adicionado a esses grupos e a verificação de um segundo usuário administrador é feita fornecendo a senha "sudo". E agora o sistema sabe que pode confiar nesses usuários. Qualquer outro usuário precisa fornecer a senha "sudo" (e talvez um usuário para alternar) antes de poder usar este hardware.
Também facilita a remoção de permissões: não deseja que um usuário use um "dvd"? Remova o grupo e pronto.
Isso é o que eu já sei. Ainda não me ajuda a decidir quais permissões dar aos arquivos, a fim de não tornar meu sistema vulnerável / instável.
O que você está usando para se preocupar com permissões? Hospedando um site? Caso contrário, eu diria que você não precisa se preocupar com permissões. Os padrões que o sistema usa (através do comando "umask") são bons o suficiente. Somente quando você faz o download de algo que precisa ser executado, você precisa configurá-lo com "chmod".
Isso depende totalmente do que você quer realizar, mas as permissões usadas em seus próprios arquivos não tornam seu sistema instável e somente o uso de permissões completas em "outros" torna seu sistema potencialmente vulnerável.
Leia o link postado nos comentários. Isso explica tudo;)