Depois de algumas horas de dor, encontrei uma solução para esse problema exato.
Os problemas são dois: 1) as permissões da pasta 2) o ambiente virtual
O ambiente virtual bagunça suas permissões e evita que o uwsgi crie o soquete corretamente - apenas desative o venv e o pip e instale o django e o uwsgi em todo o sistema. Pode haver uma maneira de resolver isso dentro do venv, mas eu não sei de nenhum.
Em seguida, defina as permissões da pasta do seu projeto django para 777 (ou altere seu proprietário para root).
cd na pasta e execute o comando wsgi como root:
sudo uwsgi --socket mysite.sock --module mysite.wsgi --chmod-socket=664 --uid www-data --gid www-data
isso cria mysite.sock com o proprietário www-data e não consigo mais o erro de permissão negada.
Espero que isso ajude.
-edit- depois de mais algumas investigações, eu segui este tutorial e ele funcionou como um serviço systemd sem nenhum desses problemas - eu acho que o tutorial oficial toma algumas coisas como garantidas.