Acredito que meu caso específico tenha sido resultado de um script Autohotkey que estava em execução. Foi agora.
Este parece ser um problema que só se manifesta nas últimas versões talvez 14.04 +.
O Win / Super funciona como desejado no próprio computador. Através do TeamViewer, entretanto, o Win / Super é mapeado para Alt .
Eu tenho Send Key Combinations verificado no TeamViewer e qualquer outra combinação parece funcionar como pretendido Ctrl + Alt por exemplo.
Acredito que meu caso específico tenha sido resultado de um script Autohotkey que estava em execução. Foi agora.