Você precisa considerar coisas como:
- Cabeçalho de host e necessidades de URL, como você deseja apresentar seus sites para o mundo?
- SSL Binding, seus sites precisam de alguma coisa?
- IPs / NICs disponíveis para ligação e melhoria de desempenho.
- Controle de nível de aplicativo, exemplo: você precisa ter pools de aplicativos diferentes?
Eventualmente, se você executar todos os seus aplicativos em sites diferentes, terá mais controle sobre o nível do aplicativo para cada site, mas se não precisar disso e quiser manter as coisas mais simples para editá-las no futuro ( pense em arquivos de configuração e pools de aplicativos), talvez um subsite seja uma ideia melhor.