Eu tenho configuração idêntica. Eu tive que definir algumas coisas no BIOS exatamente como você disse ter três monitores. Com a NVIDIA, não havia como configurar três monitores funcionando. Eu desisti e estou usando o driver NVIDIA open source - nouveau com driver intel para o adaptador onboard. Pareceu-me que o driver priprietário da NVIDIA não traria nenhum outro driver.
Também tive problemas para não mostrar a imagem no monitor conectado ao adaptador onboard da Intel. Alterei algumas configurações do BIOS e a imagem no terceiro monitor apareceu. Infelizmente, não me lembro da configuração da BIOS e não tenho acesso a esse computador agora. Eu posso verificar amanhã quando eu chego naquele computador, mas acho que não vou me lembrar de qual configuração de BIOS foi.