Eu consegui fazer funcionar, aparentemente, pode estar relacionado com a ordem em que esses arquivos são executados.
Eu estava assumindo que
Default options are read from the following files in the given order:
/etc/my.cnf /etc/mysql/my.cnf /usr/etc/my.cnf ~/.my.cnf
Isso significa que /etc/my.cnf tem prioridade sobre os outros, quando, na verdade, parece ser o contrário, neste caso, parece que ~/.my.cnf teria a maior prioridade caso existisse.
Faz sentido, considerando que etc/my.cnf é o arquivo mais geral e menos específico.
Então, o que eu fiz foi substituir o arquivo my.cnf do estoque em /etc/mysql/my.cnf pela minha própria versão. Eu não aconselho os outros a fazer o mesmo que eu acredito que você deve manter o padrão e simplesmente adicionar seu my.cnf ao /usr/etc/my.cnf , no meu caso é só para uma VM do Vagrant e é por isso que eu não me preocupo com isso muito
Eu acredito que este pode ser o problema se você acredita que eu estou errado, por favor corrija-me.
Um grande obrigado a @Michael Hampton por sua ajuda
EDITAR
Eu posso realmente estar errado, eu tentei o método /usr/etc/my.cnf e ele não funcionou, o que é um pouco estranho, eu não entendi a lógica por trás das my.cnf prioridades ou como você está supostamente para substituí-lo sem tocar o estoque que vem com a sua instalação.
Em um piscar de olhos eu posso apenas reescrever a ação que eu acho, e você poderia forçar mysqld a usar um arquivo my.cnf específico através do argumento --defaults-file , mas eu ainda gostaria de entender o que é acontecendo, por isso, se alguém souber por favor, adicione seus pensamentos.
Obrigado