Eu não entendo completamente sua pergunta enquanto você está falando sobre um script, então você diz que é solicitado a fazer algo, então se for um script, por que há alguma intervenção manual?
Se você quiser que seu RewriteRule
não se inscreva em um URL, será necessário adicionar um RewriteCond
antes dele para filtrar o URL que precisa ser mantido como HTTP puro.
Algo como:
RewriteCond "%{REQUEST_URI}" "!^/a_specific_page"
Isso, no entanto, se aplica a todos os acessos, não apenas àqueles que vêm do seu "script". Se você quiser discriminar, precisará encontrar algo para identificar seu acesso ao script, como seu IP de origem, se for confiável, ou algum cabeçalho HTTP específico, etc.