O mais provável é que seja apenas a configuração padrão da segurança da conexão no adaptador PDO que é diferente das configurações usadas na conexão com o cliente MySQL.
Eu tenho um aplicativo web php (Servidor A) que acessa o MySQL em um servidor remoto (Servidor B) através de um túnel SSH. Uma vez que o túnel está configurado, eu posso fazer login e executar consultas no Servidor B do Servidor A exatamente como você esperaria. No entanto, quando o aplicativo da Web tenta consultar o servidor, recebo o erro:
[PDOException] SQLSTATE[HY000] [3159] Connections using insecure transport are prohibited while --require_secure_transport=ON.
Se eu definir a variável de sistema require_secure_transport para OFF, tudo funciona como esperado, mas eu não entendo porque a conexão com o aplicativo da web aciona essa exceção, mas uma conexão normal não.
O mais provável é que seja apenas a configuração padrão da segurança da conexão no adaptador PDO que é diferente das configurações usadas na conexão com o cliente MySQL.