Sim, o servidor ainda poderá usar o gMSA se o módulo do AD for desinstalado.
Não sei por que você se incomodaria. O módulo tem apenas cerca de 5 MB de espaço em disco composto principalmente de XML e não possui nenhum executável ou serviço executado em segundo plano. Por que não manter uma ferramenta de gerenciamento útil instalada?