Se tudo o que você quer fazer é adicionar ĉ, ĝ, ĥ, ĵ, ŭ e ŭ (e as versões maiúsculas) ao seu teclado na terceira (e quarta) posições, ou seja, altgr + c = ĉ, shift + altgr + c = Ĉ, você pode editar um arquivo em / usr / share / X11 / xkb / symbols. Você quer editar o arquivo para o país cujo teclado você usa, então para mim seria / usr / share / X11 / xkb / symbols / us. (Você terá que editar o arquivo usando o sudo).
Você pode atribuir até quatro caracteres por tecla (normal, 1; shift,!; altgr, ¡; shift + altgr, ¹).
Então, por exemplo, no arquivo us você mudaria
key <AB03> { [ c, C ] }
para
key <AB03> { [ c, C, ccircumflex, Ccircumflex ] }
A sintaxe permanece a mesma: jcircumflex Jcircumflex, etc. E o acento em ŭ é um sotaque de breve, então mude aquele para ubreve e Ubreve.
Quando tiver terminado, você precisará cd / var / lib / xkb / e sudo rm * .xkm e, em seguida, reiniciar ou apenas sair e voltar.
Provavelmente existe uma maneira mais simples de fazer o que você quer, mas eu sei que isso funciona, já que é uma parte de como eu fiz meu próprio (ridiculamente) layout de teclado modificado.