Eu sei que esta pergunta tem mais de um ano, mas sinto que merece uma resposta. A configuração de sincronização de senha do Unix requer uma leitura cuidadosa da documentação. Ele permite que alterações de senha do SMB atualizem a senha do UNIX.
De acordo com
man smb.conf
unix password sync (G)
This boolean parameter controls whether Samba attempts to synchronize the
UNIX password with the SMB password when the encrypted SMB password in
the smbpasswd file is changed. If this is set to yes the program
specified in the passwd program parameter is called AS ROOT - to allow
the new UNIX password to be set without access to the old UNIX password
(as the SMB password change code has no access to the old password
cleartext, only the new).
This option has no effect if samba is running as an active directory
domain controller, in that case have a look at the password hash gpg key
ids option and the samba-tool user syncpasswords command.
Default: unix password sync = no
Note que se refere ao arquivo smbpasswd sendo alterado, e não vice-versa.
Se você puder encontrar uma maneira de fazer isso funcionar ao contrário, ou melhor ainda, para trabalhar sem um usuário do Samba, informe-nos.