Encontrei uma solução para o meu problema.
Eu emiti outro certificado da minha autoridade de certificação raiz corporativa. Então eu usei o seguinte comando para ter serviços RDP usando o
wmic /namespace:\root\CIMV2\TerminalServices PATH Win32_TSGeneralSetting Set SSLCertificateSHA1Hash="Thumbprint"
Agora posso com sucesso RDP no servidor.