Talvez um pouco atrasado, mas eu usei algo como
cat <<EOF | sudo apt-get -c /dev/stdin install <package>
#clear DPkg::Pre-Install-Pkgs;
EOF
Usando a opção "-c" do apt-get para especificar o arquivo de configuração a ser usado.
Veja apt-get (8) por opção "-c" e apt.conf (5), seção "Descrição", para a ordem em que uma ferramenta APT lê os arquivos de configuração.
Embora o truque de usar "/ dev / stdin" pareça muito "esotérico" para mim.