Supondo que seu banco de dados contenha dados variáveis e não a configuração do programa, e de acordo com o padrão fhs, o local deve ser /var/lib/yourapp ou /var/lib/misc .
Agora, se ele contiver somente configurações para o programa no computador , talvez seu local esteja em /etc/yourapp .
Se é ambos, não sei realmente.
Eu não vi /var/db no standart, então eu suponho que seja uma pasta personalizada, o que não é recomendado.
Applications must never create or require special files or subdirectories in the root directory. Other locations in the FHS hierarchy provide more than enough flexibility for any package.
Padrão Fhs relacionado (fhs significa padrão de hierarquia de arquivos)