Isso significa apenas que o arquivo que você está configurando não está sendo carregado.
Tente definir SSLProtocol TLSv1.2
no arquivo de configuração principal "apache2.conf" ou como ele é chamado.
Quando você usa um desses esquemas de configuração "multifile" da distro, você precisa ter um grande controle do que está acontecendo nos bastidores. E o Apache não poderia se importar menos com arquivos, apenas se importa com o "contexto". Então, defina o acima no contexto de configuração do servidor, use "mod_info" se você precisa ter certeza de que a diretiva está sendo carregada corretamente.