Se você tiver várias versões java instaladas em sua máquina Ubuntu, execute o seguinte para escolher aquela que deseja como padrão:
$ sudo update-alternatives --config java
There are 3 choices for the alternative java (providing /usr/bin/java).
Selection Path Priority Status
------------------------------------------------------------
0 /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/bin/java 1071 auto mode
1 /usr/lib/jvm/java-6-openjdk-amd64/jre/bin/java 1061 manual mode
2 /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/bin/java 1071 manual mode
* 3 /usr/lib/jvm/java-7-oracle/jre/bin/java 1063 manual mode
$ sudo update-alternatives --config javac
There are 3 choices for the alternative javac (providing /usr/bin/javac).
Selection Path Priority Status
------------------------------------------------------------
0 /usr/lib/jvm/java-7-oracle/bin/javac 1063 auto mode
1 /usr/lib/jvm/java-6-openjdk-amd64/bin/javac 1061 manual mode
2 /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/bin/javac 1051 manual mode
* 3 /usr/lib/jvm/java-7-oracle/bin/javac 1063 manual mode
Para se livrar das notificações, você deve escolher o Oracle Java e não o OpenJDK. Tutorial de instalação do Oracle Java 7