O arquivo de configuração xml para o IIS está em:
%SystemRoot%\System32\inetsrv\config\applicationHost.config
faça um diff com uma versão de um servidor novo.
Cada site pode ter configurações em seu próprio arquivo web.config, mas você não precisa criar scripts para aqueles que copiou o site inteiro.
and really capture everything?
Muitas outras alterações em um servidor podem afetar como o IIS funciona, alterações de registro (muito poucas), por exemplo. Permissões de arquivos e usuários são outra coisa que você deve ter em mente.
applicationHost.config
é um bom ponto de partida.