1º, a sua instalação (centos 6?) parece uma verdadeira bagunça.
Você realmente precisa de 3 instalações php?
- base do sistema php 5.6.27, que parece ser o padrão usado (do seu phpinfo) = > /etc/php.ini
- Pacote SCL em /opt/remi/php56/root/etc/php.ini
- compilação de fontes em /var/www/dev.permaculture.org.nz/etc/php.ini
Você leu o comentário no php.ini?
; RPM note : session directory must be owned by process owner
; for mod_php, see /etc/httpd/conf.d/php.conf
; for php-fpm, see /etc/php-fpm.d/*conf
/etc/httpd/conf.d/php.conf é o lugar correto para definir o caminho da sessão para o usuário "apache", o /etc/php.ini é o pior, como compartilhado por todos os usuários, isso só pode aumentar problemas de permissões (sessão criada por um usuário, limpa por outro)