Podemos ver que a CPU está sendo usada, mas qual processo está usando tudo isso? PHP-FPM? MySQL? NginX Com que frequência você obtém logs em seu arquivo access.log do NginX? Não é constante? Se é constante, então você pode estar sob ataque DDoS.
Se tudo acima for: sim Cloudflare ou Fail2Ban é necessário (forme, eu tenho os dois)