Se você alterou as ACLs em pastas inteiras e grandes, você precisou aguardar a conclusão do backlog. Para casos semelhantes, consulte aqui e aqui
Se isso for inaceitável, você pode:
- pare a replicação
- remova a pasta afetada (apenas em um único lado!)
- use
robocopy
para pre-seed agora destino vazio - reativar a replicação
No entanto, cada uma das etapas acima não é sem tempo de inatividade e, se algo der errado, você também pode piorar a situação. Como sempre, faça backup primeiro.