Você pode simplesmente excluir o arquivo de índice manualmente e recodificá-lo. Se o tamanho do índice for tão grande devido a alguma falha, o recriado será significativamente menor. Se o índice recriado se tornar do mesmo tamanho, esse tamanho será exatamente o mesmo que deveria.
O tamanho do índice depende do tamanho da caixa de correio e pode ser muito grande se o Full-Text Search, também conhecido como FTS, estiver ativado.