Defina a propriedade do diretório chroot / como root:root :
chown root:root /path/to/chroot/rootdir
depois defina o sticky bit :
chmod 1777 /path/to/chroot/rootdir
Deixe /usr e /lib como está, provavelmente algo como root -owned e root -apenas gravável. Isso deixará os usuários capazes de manipular arquivos como quiserem, mas não poderão modificar /usr e /lib de qualquer forma.
Por a página Linux chmod.1 man :
The restricted deletion flag or sticky bit is a single bit, whose interpretation depends on the file type. For directories, it prevents unprivileged users from removing or renaming a file in the directory unless they own the file or the directory; this is called the restricted deletion flag for the directory, and is commonly found on world-writable directories like
/tmp. For regular files on some older systems, the bit saves the program's text image on the swap device so it will load more quickly when run; this is called the sticky bit.