Eu obtive o Python2.7 instalado no CentOS 6 com SCL .
yum install -y centos-release-scl
yum install -y python27
# scl enable python27 "python -V"
Python 2.7.8
Então você também precisa excluir
rm -r ~/.local/share/letsencrypt
E reinstale algo relacionado ao Python 2.7 (libraries? config?) simplesmente executando-o
scl enable python27 "./certbot-auto"
Dentro do crontab:
@daily scl enable python27 "/root/certbot-auto renew --quiet"