O Site A e o Site B devem ter o endereço IP do Servidor DNS um do outro atribuído a todos os clientes em ambos os domínios para que a replicação ocorra.
Verifique no servidor DHCP, "Opções de Escopo", se ele tem endereço IP de DNS do Site A.
Verifique se o servidor DHCP "Opções de escopo" tem o endereço IP de DNS do site B.
Por fim, verifique a replicação em dssite.msc (Sites e serviços do Active Directory).