A solução óbvia é matar (ou reiniciar) o processo que está mantendo o descritor de arquivo (ID do processo 38115 como mostrado em lsof output).
Se você não quiser fazer isso, poderá truncar o arquivo (mesmo se ele for excluído) para liberar espaço em disco. Você pode tentar o seguinte:
$ :> /proc/38115/fd/11
Em que 38115 é o ID do processo e 11 é o descritor do arquivo. Não esqueça de executar como root quando necessário.