De acordo com sua descrição, acho que o problema não é o endpoint.
Eu tinha implantado uma VM no modelo clássico e adicionei o endpoint 3306 a ela, e a VM pode se conectar ao banco de dados do Azure Mysql.
Então, talvez possamos tentar verificar os logs do PHP para encontrar o motivo real. Por padrão, podemos encontrar os logs em /var/log/apache2/error.log,
Além disso, para solucionar esse problema com mais eficiência, você pode tentar executar uma captura de rede no cliente. Então, podemos encontrar o comportamento detalhado do cliente, o que é muito útil para solucionar problemas adicionais
Se você ainda tiver dúvidas, bem-vindo para postar aqui. Obrigado.