Graças a @Richlv e depois de alguns testes que fiz (ver os comentários) encontramos o problema. Como os itens ativos são processados sequencialmente e que o comando por trás desses itens pode demorar um pouco para retornar, gerando algum atraso acumulando para cada item, o agente estava fazendo o melhor possível passando por todos os itens.
Como não é possível ter processamento paralelo de itens ativos, as soluções possíveis neste caso podem ser as seguintes:
- Aumentando o intervalo de tempo para itens ativos
- Usando zabbix_sender para fazer manualmente o trabalho (pode ser necessário também implementar o buffer do lado do cliente que é fornecido com itens ativos)
- Talvez outra abordagem seria usar o monitoramento de arquivos de log
- Executando 2 agentes no mesmo cliente, configurando assim processos paralelos, espalhando os itens ativos com sabedoria (embora não seja uma ótima solução)
- Melhorando o desempenho do comando por trás dos itens ativos e / ou reduzindo o tempo de pior caso (com um tempo limite, por exemplo) - O que fizemos