A terminologia é confusa aqui. O tronco que você criou não tem nada a ver com as VLANs. Pelo contrário, é um mecanismo de agregação de links para unir vários circuitos físicos em um tronco. Esta funcionalidade é referida por diferentes nomes: trunk, LAG, EtherChannel, etc.
Então, sim, as tags de VLAN terão prazer em transitar uma porta de tronco, assim como uma única porta independente.
Portanto, reduza isso, você não precisa de um tronco aqui, a menos que esteja planejando a necessidade de usar vários links físicos entre os switches.