Por que não apenas adicionar os comandos a um script bash e programá-lo para ser executado na inicialização? Pode não ser a melhor "correção", mas deve funcionar.
#!/bin/sh
sudo rmmod psmouse && sudo modprobe psmouse
# Find the command to set natural scrolling and insert here
Não tenho certeza se o sudo não causará problemas com scripts, já que sou bastante novo nisso, mas, com a possibilidade de brincar um pouco, você conseguirá fazê-lo funcionar. Talvez seja necessário definir a inicialização para usar o sudo e criar o script sem ele para obter um prompt ou definir "Executar no Terminal". Eu não tenho certeza sobre esse ponto, mas isso iria automatizá-lo, aliviando-o do fardo de digitar os comandos de cada vez.
Com a rolagem natural, você terá que determinar seu mapa de botões e reconfigurá-lo como mostrado aqui: link
Eu sei que isso é mais uma solução do que uma solução, mas deve ajudar.