Tente adicionar o / yt contextPath ao youtrack.
java -Xmx1g -XX:MaxPermSize=250m -Djava.security.egd=/dev/zrandom -Djava.awt.headless=true -Djetbrains.youtrack.baseUrl=http://localhost/yt -Djetbrains.youtrack.disableBrowser=true -jar /opt/youtrack.jar 3579/yt
Da documentação do youtrack: link
A partir do YouTrack 6.0.12223 você pode executar o YouTrack Standalone com o seguinte comando:
java -Xmx1g -XX:MaxPermSize=250m -Djava.awt.headless=true <Optional Java Start Parameters> -jar youtrack-<version>.jar [host:]<port>[/contextPath] [config file path]
A implementação de suporte para o 'contextPath' permite que você execute o YouTrack com o contexto que não seja o caminho raiz usado anteriormente por padrão. Aqui estão alguns exemplos de comandos com várias configurações de URI para o servidor YouTrack:
java -Xmx1g -XX:MaxPermSize=250m -Djava.awt.headless=true -jar youtrack-6.0.12124.jar 8080
java -Xmx1g -XX:MaxPermSize=250m -Djava.awt.headless=true -jar youtrack-6.0.12124.jar 8080/youtrack
java -Xmx1g -XX:MaxPermSize=250m -Djava.awt.headless=true -jar youtrack-6.0.12124.jar 127.0.0.1:8080
java -Xmx1g -XX:MaxPermSize=250m -Djava.awt.headless=true -jar youtrack-6.0.12124.jar 127.0.0.1:8080/youtrack