Existem algumas maneiras de fazer isso. O mais fácil se você estiver disposto a trabalhar com FQDNs em vez de apenas nomes NetBIOS curtos é definir encaminhadores condicionais para o domínio remoto em cada lado. Veja aqui: link
Você pode usar isso em conjunto com os sufixos DNS de ambos os domínios em todos os computadores, se tiver a permissão de manter nomes exclusivos para cada domínio entre computadores. Isso permitiria que você consultasse / ping algo como "ping BOB" e primeiro tentaria o BOB.domainA e depois tentaria o BOB.domainB que encaminharia para o outro domínio (novamente usando encaminhadores condicionais).
Quando você diz "federação de domínio", não sei dizer se está falando entre florestas ou se quis dizer uma confiança de domínio em uma floresta. Se você quiser configurar uma relação de confiança e permitir que os servidores DNS repliquem as informações de zona entre eles, você pode seguir este guia:
Se você estiver falando sobre resolução de DNS entre florestas, os encaminhadores condicionais, como no início, funcionarão bem o suficiente se você não quiser federar / confiar nas florestas. Novamente, tenha em mente que você desejará usar FQDNs ao fazer ping ou tentar acessar algo na outra floresta / domínio, a menos que esteja disposto a adicionar sufixos DNS para cada computador ou servidor.