Se você estiver executando o XBMC no modo de tela cheia, é bastante possessivo. Assume o controle sobre a tela, o ponteiro e alguns outros recursos. Isso é bastante útil quando está sendo executado como um centro de mídia, mas é chato e executado como um aplicativo de desktop.
Mas há a opção de colocá-lo no modo de janela. Você pode alterar os modos pressionando \
(Backspace) ou, se tiver outro layout de teclado, a combinação de teclas que produz um \
. Há também a opção de definir isso no menu Configurações (Saída de Vídeo) e nos arquivos de configurações.
No modo de janela, pode não usar a tela inteira, mas também não deve interferir na área de trabalho.