Do homem do rsync:
--remove-source-files
This tells rsync to remove from the sending side the files (meaning non-directories) that are a part of the transfer and have been successfully duplicated on the receiving side.
Portanto, parece que um arquivo é excluído no lado da fonte somente se estiver marcado como transferido com sucesso pelo rsync.
Na minha experiência, o Rsync parece ser muito amigável ao ser morto, quando isso acontece, eu apenas executo o mesmo comando e o rsync é sempre capaz de começar de onde ele saiu sem nenhum efeito colateral.
O único problema que posso encontrar para reexecutar um comando rsync morto com suas opções é o --append one. Eu aconselho você a ler as seções --append e --append-verify do manual e considerar uma verificação da consistência dos arquivos no lado do recebimento.