Acabei de escrever o script rapidamente:
_DST="/ha.0/"
_SRC="/root/quotas.txt"
while read -u10 _line
do
_user="$(echo ${_line} | cut -f 1 -d ' ')"
_bsoft="$(echo ${_line} | cut -f 4 -d ' ')"
_bhard="$(echo ${_line} | cut -f 5 -d ' ')"
_fsoft="$(echo ${_line} | cut -f 7 -d ' ')"
_fhard="$(echo ${_line} | cut -f 8 -d ' ')"
setquota -u "${_user}" "${_bsoft}" "${_bhard}" "${_fsoft}" "${_fhard}" "${_DST}"
done 10< "${_SRC}"
Não é incrível, mas funcionou bem. Apenas copie a saída do repquota do servidor antigo em /root/quotas.txt e execute esse script no novo servidor!