Existe um comando do sistema que você pode usar para marcar o disco para verificação automatizada na próxima reinicialização:
FSUTIL dirty set <drive>:
Por exemplo:
FSUTIL dirty set c:
O relatório de processamento está disponível por meio do Visualizador de Eventos - Registro do Sistema.
Se você quiser verificações automáticas, coloque-as como uma tarefa no Agendador de Tarefas do Windows.
Se o sistema encontrar problemas de disco, isso pode marcar o volume como sujo (ruim). Para consultar o status sujo, use:
FSUTIL dirty query c:
Note que executar o FSUTIL requer direitos de administrador.
Como alternativa, você pode adaptar este script do PowerShell para as suas necessidades.