Eu resolvi isso. Eu estou usando o mpm_itk agora. Combinado com regras de reescrita, pode-se definir o usuário executando os scripts:
RewriteEngine on
RewriteRule "^.*" - [E=ITKUID:http]
RewriteRule "^/~root.*" - [L,R=404]
RewriteRule "^/~([a-z]+)/cgi-bin(.*)" "/home/$1/.cgi-bin$2" [L,E=ITKUID:$1]
RewriteRule "^/~([a-z]+)/?(.*)" "/home/$1/.html-data/$2" [L,E=ITKUID:http]
AssignUserIDExpr %{reqenv:ITKUID}