Esta é uma questão bastante ampla, então esta é uma resposta muito ampla: Com a experiência de gerenciar várias coisas em TI, criar um subdomínio para cada cliente facilitará sua vida no futuro. Com alguns clientes, um domínio estará bem, mas com muitos clientes (provavelmente mais de 20), será muito difícil fazer coisas como implementar recursos por cliente (ou seja: algum recurso pode usar o nome de domínio para diferenciar clientes), registro detalhado por cliente, etc. Dado que você pode dar a cada cliente alguma outra chave única, mas o nome de domínio seria fácil de ser desativado.
Dito isto, se você oferecer 1 aplicativo a muitos clientes, então 1 domínio ficará bem e isso será feito por muitos fornecedores de aplicativos. Mas se você está oferecendo muitos aplicativos personalizados para muitos clientes diferentes, quanto mais separação, melhor. Ajudará o gerenciamento geral, reportando e não prejudicaria o lado da segurança das coisas.
Lembre-se também de que, dependendo do tipo de aplicativos que sua oferta, os clientes podem preferir ou exigir a separação de seus outros clientes para atender aos padrões do setor ou leis de conformidade, ter domínios separados pode tornar isso mais simples ou mais fácil de ser alcançado.