Parece que você deseja executar esses comandos em um sub-shell para não afetar o diretório de trabalho do shell executando o script .profile
.
Você pode usar a opção -c
para executar um shell com comandos fornecidos na linha de comando:
bash -c 'cd ~/Develop/Websites/scotch && exec vagrant up'
No entanto, seria mais simples usar o recurso sub-shell do shell atual:
( cd ~/Develop/Websites/scotch && exec vagrant up )